مجلس المديرين التنفيذيين ("المجلس") هو الجهاز المسؤول عن توجيه عمليات البنك وسياساته العامة.

يتكون المجلس الحالي من ثمانية عشر عضوًا: تسعة مديرين تنفيذيين تعينهم دولهم، وهم المديرون التنفيذيون الذين يمثلون الدول التي تملك أكبر عدد من الأسهم في رأسمال البنك الإسلامي للتنمية، وتسعة مديرين تنفيذيين ينتخبهم محافظو الدول الأخرى لمدة تلاث سنوات قابلة للتجديد.